يتم استخدام دواء هيدروكوين لعلاج مرض التهاب المفاصل الروماتويدي، يساعد في تخفيف الالتهابات الجلدية والحساسية الجلدية، يمكن استخدام هذا الدواء في حالات الإصابة بالملاريا، يستخدم
هيدروكوين ايضا في علاج فيروس كوفيد-19 (كورونا) وفيروس كوفيد سارس، بالإضافة إلى ذلك يعتبر علاجا للذئبة الحمامية.