يستخدم عقار كلوروكوين لعلاج مجموعة من الحالات الطبية، ابرزها الملاريا كونه يعمل على القضاء على الطفيليات المسببة لهذا المرض، الى جانب ذلك يستخدم أحيانا في علاج بعض الأمراض الالتهابية مثل التهاب المفاصل الروماتويدي والذئبة الحمراء، حيث يساهم
كلوروكوين في تخفيف الأعراض وتقليل الالتهاب.