يستخدم دواء هيبارين بشكل رئيسي للوقاية من تكون الجلطات الدموية ومعالجتها خصوصا في الحالات التي يكون فيها المريض عرضة للاصابة بالجلطات داخل الاوعية الدموية، يعطى الدواء غالبا للاشخاص الذين خضعوا لعمليات جراحية كبرى مثل جراحة القلب المفتوح او زراعة الاعضاء، وذلك لتجنب تكون الجلطات اثناء وبعد العملية، كما يستخدم
هيبارين لمنع التجلطات المرتبطة بحالات طبية اخرى مثل الاقامة الطويلة في المستشفى، قسطرة الاوردة المركزية، او علاج حالات الانسداد الرئوي، يتم وصفه احيانا لعلاج الجلطات الوريدية العميقة (DVT) ومنع حدوثها لدى الافراد الذين يعانون من عوامل خطر معروفة.