يستخدم دواء كيتوكونازول في الاساس كمضاد للفطريات ولعلاج الالتهابات الفطرية التي تؤثر على الجلد مثل السعفة القدم الرياضي والقوباء الحلقية، معالجة قشرة الرأس والتهاب الجلد الدهني من خلال الشامبو الذي يحتوي على الكيتوكونازول، علاج بعض أنواع العدوى الفطرية الجهازية التي تؤثر على أجزاء داخلية من الجسم، يستخدم
كيتوكونازول احيانا في حالات معينة مثل داء المبيضات الفموي والالتهاب الفطري المهبلي، يفضل استشارة الطبيب قبل استخدامه لضمان الاستعمال السليم والحد من أي اثار جانبية محتملة.