يستخدم ميكوناز لعلاج مجموعة متنوعة من الحالات ومن ابرزها الالتهابات الفطرية في القدم مثل قدم الرياضي والالتهابات الفطرية المهبلية التي تسبب الحكة والافرازات المزعجة والحالات الجلدية التي تشمل بقع الفطريات أو التهابات تحت الثدي، كما انه يمكن أن يكون مفيدا في معالجة بعض الأمراض الفطرية الظاهرة على فروة الرأس أو الأظافر اعتمادا على شكل الدواء المستخدم سواء كان كريما موضعيا أو مسحوقا أو جلا،
ميكوناز لعلاج الالتهابات الفطرية داخل الفم بما في ذلك العدوى التي تعرف بداء المبيضات الفموي وفي هذه الحالة يستخدم عادة شكل الجل الطبي الذي يوضع مباشرة على المناطق المصابة داخل الفم.