باكتوميسين مرهم يستخدم في علاج مجموعة متنوعة من الالتهابات البكتيرية ويصفه الاطباء غالبا في حالات التهابات الجلد والانسجة الرخوة حيث يعمل على منع نمو البكتيريا والتخلص منها، أيضا قد يستخدم في علاج بعض حالات التهابات الجهاز التنفسي عند التأكد من أن البكتيريا المستهدفة حساسة للمضاد الحيوي، بالاضافة الى ذلك يلجأ بعض الاطباء الى دواء
باكتوميسين لعلاج التهابات المسالك البولية المتكررة أو المزمنة خاصة لأولئك الذين يحتاجون لفعالية قوية ضد بكتيريا مقاومة لأدوية أخرى، أما عن كيفية الاستخدام فيجب الالتزام بالتوجيهات الطبية بدقة لضمان الفاعلية القصوى ومنع تطوير مقاومة البكتيريا لهذا العلاج مع مرور الوقت.